Come rivela anche il nome dell'orchestra, i 30 musicisti dell'Orchestra Mozart di Vienna eseguono esclusivamente opere di W. A. Mozart, nato del 1756 a Salisburgo e stabilitosi successivamente a Vienna, dove morì nel 1791. Oltre alle opere sinfoniche del Maestro, il loro repertorio comprende anche numerosi concerti per strumento solista ed orchestra nonché arie e duetti delle sue opere liriche più celebri.

La particolarità dell'orchestra è la rinomata serie di concerti "Wiener Mozart Konzerte" in costumi d'epoca, in cui sia i musicisti che i cantanti si presentano con prestigiosi costumi e parrucche d'epoca. Il programma dei concerti corrisponde a quello delle antiche "Accademie di Musica", le manifestazioni concertistiche del '700. Per suscitare l'approvazione del pubblico, allora come oggi si sceglievano le più belle opere di un compositore e si presentavano programmi che comprendevano alcuni tempi di sinfonie e singoli movimenti di concerti strumentali, che si alternavano ad ouverture, arie e duetti di opere liriche.